Основан по приказу Государственного Комитета Обороны 4 августа 1942 г. при Военном совете Северо-Кавказского фронта. Зонами ответственности Южного штаба (отдела) ЦШПД были Калмыцкие и Сальские степи, граничащие с ними районы Сталинградской и Ростовской областей, Ставропольского края.
Южный штаб партизанского движения