Jauni, aktyvūs žydai getuose pasipriešinimą naciams pasirinko kaip vienintelį būdą kovoti su savo mirtinu priešu. Kiekviename – Vilniaus, Kauno, Šiaulių ir Švenčionių – gete nuo 1942 m. pradžios veikė pogrindinės geto organizacijos. Vilniaus gete ilgai ir skausmingai svarstyta, kur kovoti – gete ar miške. Kauno, Šiaulių ir Švenčionių pogrindinės organizacijos be jokių dvejonių nusprendė pasitraukti į miškus ir kovoti partizanų būriuose.
Kauno geto pogrindžio organizacijos bendradarbiavo su žydų policija, kuri padėjo vykdyti karinį mokymą ir įsigyti ginklų. Pogrindininkai palaikė ryšį ir dalinosi informacija su Seniūnų tarybos atstovais. Vilniuje tokio glaudaus bendradarbiavimo nebuvo. Šiaulių gete buvo kuriamos pogrindinės antifašistinės grupės. 1941 m. pab. sionistų jaunimo judėjimo aktyvistai įsteigė slaptą organizaciją. 1942 m. buvo suformuota slapta „savigynos“ organizacija, vadovaujama inžinieriaus Joselio Leibavičiaus. Pastarajai priklausė ir sionistai, ir komunistai. Organizacija kaupė ginklus, tačiau ginkluotų akcijų nevykdė. Buvo leidžiami slapti laikraštėliai „Masada“, „Hatechija“ ir „Mimamakim“. Nedidelės organizacijos taip pat veikė žydų darbo stovyklose ir koordinavo tarpusavio kovos veiksmus. Kai kuriems jų nariams pavyko pabėgti iš stovyklų į miškus ir prisijungti prie sovietinių partizanų būrių.
Pirmieji žydai, įsijungę į sovietinius partizanų dalinius, buvo pabėgėliai iš Švenčionių geto ir aplinkinių miestelių. Iki tol jie neturėjo ginklų, bastėsi aplinkiniuose miškuose. Sunkiai kelio pas sovietinius partizanus ieškojo Kauno geto kovotojai: 1943 m. vasarą žuvo grupė žmonių, išėjusi į Vilniaus apylinkes, taip pat dauguma žmonių, siųstų į Augustavo miškus. Vilniaus geto padėtis šiuo požiūriu buvo geresnė, nes jis buvo arčiau partizanų veikimo rajonų.
Vilniaus geto partizanai iš FPO Rūdninkų girioje įsijungė į partizanų būrius: „Už pergalę“, „Keršytojas“, „Mirtis fašizmui“ ir „Kova“. Šiuose keturiuose būriuose buvo apie 260 partizanų. 1943 m. lapkričio 5 d. radiogramoje Lietuvos partizaninio judėjimo štabo viršininkui Antanui Sniečkui pranešama, kad sudaryti 4 žydų būriai po 65 žmones, jiems vadovauja A. Kovneris, M. Brantas, S. Kaplinskij ir A. Aronovičius. Vėliau šie žydų partizanų būriai buvo performuoti ir sujungti su bendrais daliniais. Kauno geto žydai sudarė atskirą būrį „Mirtis okupantams“, kuriame buvo ne mažiau 200 kovotojų.
1943 m. pab. Lietuvos pietų srities štabo viršininko Genriko Zimano duomenimis, Rūdninkų girioje veikė 12 būrių (650 žmonių), tačiau tik apie pusę buvo ginkluoti. Daugelis žydų partizanų pasižymėjo drąsa, sumanumu, kovingumu ir buvo puikūs ginklų meistrai. Didžioji dalis sugebėjusių pasprukti iš getų ir darbo stovyklų įsijungė į Lietuvos ir Baltarusijos sovietinių partizanų judėjimo dalinius.
Ištrūkti iš getų ir pasiekti sovietinių partizanų būrius pavyko beveik 2000 žydų.