After the dissolution of the Commission, some of the documents and files were lost and about 250 boxes of documents were transferred to the State Central Archives in Prague (now the National Archives) from the General Prosecutor's Office of the Czechoslovak Republic in August 1990.
Po zrušení komise se část dokumentů a spisů ztratila a asi 250 krabic písemností bylo v srpnu 1990 předáno do Státního ústředního archivu v Praze (dnes Národní archiv) z Generální prokuratury ČSFR.